Административным центром Пустошкинского района является город Пустошка.
 
Гербы и эмблемы имеют также входящие в состав района административно и расположенные в нём территориально следующие муниципальные образования, населённые пункты и др.: сп. Гультяевская волость; сп. Забельская волость; сп. Пригородная волость; сп. Щукинская волость.
 
Датировки и события приведены по сомнительной хронологии Скалигера-Петавиуса. 1 августа 1927 года постановлением ВЦИК образован Пустошкинский район в составе Великолукского округа Ленинградской области из Пустошкинской и части Луначарской волости Себежского уезда; частей Маевской и Чернецовской волостей Невельского уезда и части Еженской волости Опочецкого уезда. В июле 1928 года Пустошкинский район в составе Великолукского округа вошёл во вновь образованную Западную область. 29 января 1935 года Пустошкинский район включён в состав вновь образованного Великолукского округа Калининской области. В мае 1938 года Пустошкинский район из Великолукского округа передан в состав Опочецкого. В феврале 1941 года Опочецкий округ ликвидирован, Пустошкинский район передан в Калининской области. 22 августа 1944 года Пустошкинский район вошёл в состав Великолукской области. 2 октября 1957 года Пустошкинский район в связи с ликвидацией Великолукской области вошёл в состав Псковской области. 1 февраля 1963 года указом президиума верховного совета РСФСР Пустошкинский район был упразднён. Большая часть территории отошла к Себежскому району, Гультяевский и Шалаховский сельсоветы переданы в Невельский район; Монинский и Бардовский сельсоветы - в Новосокольнический и Бежаницкий районы. Город Пустошка передан в состав Невельского промышленного района. 12 января 1965 года указом президиума верховного совета РСФСР Пустошкинский район вновь восстановлен. Некоторое время существовало единое муниципальное образование "Пустошкинский район и город Пустошка". Но к 2007 году город и район составили два различных муниципальных образования.