Дата принятия: Утверждён решением собрания депутатов района №21 от 29 июня 2007 года.
В Государственный геральдический регистр России внесён под №3549.
Описание: "Прямоугольное зелёное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, несущее фигуры герба: две жёлтые полосы в 1/15 ширины полотнища каждая: одна отстоит от нижнего края на 2/15 ширины полотнища, а вторая нисходит от древка к нижнему краю, пространство между полос и под ними заполнено синим; над перекрестьем полос изображён красным, серым и чёрным цветом аист, стоящий на одной ноге на перекрестье".
Обоснование символики: Флаг района разработан с учётом его герба, основой которого, его фундаментом стало географическое расположение районного центра - города Пустошка, который находится на пересечении транспортных магистралей: Москва-Рига и Санкт-Петербург-Киев. Зелёный цвет показывает леса, поля и сельскохозяйственные угодья района. Зелёный цвет - также символ плодородия, надежды и здоровья. Синий цвет отражает многочисленные озера, находящиеся на территории района. Синий цвет - символ чистоты неба, красоты и добродетели. Аисты, гнездящиеся в этих местах, являются символом города. Аист символизирует мир, почтительность к родителям и чистоту природы. Белый цвет (серебро) в геральдике - символ простоты, совершенства, мудрости, благородства, мира, сотрудничества. Жёлтый цвет (золото) - символ прочности, величия, богатства, интеллекта, великодушия. Красный цвет - символ праздника, красоты, радости. Чёрный цвет в геральдике символизирует благоразумие, мудрость, скромность, честность и вечность бытия.
Авторская группа:
идея: Константин Мочёнов (г. Химки), Владимир Медведев (г. Пустошка), Александр Фадеенков (г. Пустошка), Николай Сайков (Пустошкинский район);
художник: Роберт Маланичев (г. Москва);
компьютерный дизайн: Оксана Афанасьева (г. Москва).
Источники.