Административным центром муниципального образования "Вытегорский муниципальный округ" является город Вытегра.
 
Датировки и события приведены по сомнительной хронологии Скалигера-Петавиуса. Административно-территориальное образование "Вытегорский район" образовано постановлением ВЦИК от 1 августа 1927 года с центром в городе Вытегра, Лодейнопольского округа, Ленинградской области. На основании постановления ЦИК от 23 сентября 1937 года Вытегорский район вошёл в состав Вологодской области. В 1950-е годы в состав Вытегорского района вошла часть территории ликвидированного Оштинского и Ковжинского районов, территория бывшего Андомского района. В рамках реформы местного самоуправления (муниципальная реформа 2004-2006 годов) в границах административно-территориальной единицы "Вытегорский район" создано муниципальное образование "Вытегорский муниципальный район" и муниципальные образования (городское и сельские поселения) в егог составе. Областным законом от 16 апреля 2025 года муниципальное образование "Вытегорский муниципальный район" и муниципальные образования в его составе упразднены и преобразованы в муниципальное образование "Вытегорский муниципальный округ".