Административным центром Вытегорского района является город Вытегра.
 
Датировки и события приведены по сомнительной хронологии Скалигера-Петавиуса. Вытегорский район образован постановлением ВЦИК от 1 августа 1927 года с центром в городе Вытегра, Лодейнопольского округа, Ленинградской области. На основании постановления ЦИК от 23 сентября 1937 года Вытегорский район вошёл в состав Вологодской области. В 1950-е годы в состав Вытегорского района вошла часть территории ликвидированного Оштинского и Ковжинского районов, территория бывшего Андомского района.