Дата принятия: Флаг Вытегорского района утверждён решением представительного собрания местного самоуправления Вытегорского района от 20 марта 2003 года №330 "О символике Вытегорского муниципального района". Изменения в него вносились решением представительного собрания Вытегорского муниципального района от 08.06.2006 года №326 "О внесении дополнений в решение представительного собрания местного самоуправления Вытегорского района от 20.03.2003 года №330" (утратило силу в 2025 году). Символы муниципального образования "Вытегорский муниципальный округ" утверждены решением представительного собрания Вытегорского муниципального округа от 30 сентября 2025 года №25 "Об утверждении герба и флага Вытегорского муниципального округа, положений о гербе и флаге Вытегорского муниципального округа" (переутверждены символы Вытегорского муниципального района).
В Государственный геральдический регистр России внесён под №1479.
Описание:
решение 2003 года: «Флаг Вытегорского муниципального района представляет собой прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3 жёлто-синего цвета (верхняя, большая - жёлтая, нижняя, меньшая - голубая) с изображением фигур герба Вытегорского муниципального района по центру».
решение 2025 года: «Флаг Вытегорского муниципального округа представляет собой прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2х3 жёлто-синего цвета (верхняя, большая - жёлтая, нижняя, меньшая - голубая) с изображением фигур герба Вытегорского муниципального округа по центру. С левой стороны флаг имеет полосу для крепления древка».
Обоснование символики: Флаг района создан на основе районного герба.
Источники. Cайт Вологодской области.