Административным центром муниципального образования "Шекснинский муниципальный округ" является посёлок городского типа Шексна.
 
Гербы и эмблемы имеют также входящие в состав района административно и расположенные в нём территориально следующие муниципальные образования, населённые пункты и др.: гп. Чёбсарское.
 
Датировки и события приведены по сомнительной хронологии Скалигера-Петавиуса. Административно-территориальная единица "Шекснинский район" была образована 12 января 1965 года указом президиума верховного совета РСФСР. В рамках реформы местного самоуправления (муниципальная реформа 2004-2006 годов) на всей территории административно-территориальной единицы "Шекснинский район" было создано к 1 января 2006 года муниципальное образование "Шекснинский муниципальный район" и в его составе муниципальные образования: 2 городских и 15 сельских поселений. В апреле 2009 года были упразднены сельские поселения Еремеевское и Чаромское (включены в сельское поселение Сиземское с административным центром в селе Чаромское). Посёлок городского типа (рабочий посёлок) Чёбсара преобразован в сельский населённый пункт (посёлок) к 1 января 2011 года. В июне 2015 года были упразднены сельские поселения: Камешниковское и Раменское (включены в Ершовское); Домшинское, Любомировское и Фоминское (включены в сельское поселение Угольское с административным центром в деревне Покровское). В 2019 году было упразднено сельское поселение Юроченское (включено в Никольское). 1 января 2020 года городское поселение Чёбсарское было преобразовано в сельское поселение. В июле 2020 года упразднена деревня Фомушино. Шекснинский район (в рамках административно-территориального устройства), включает 17 административно-территориальных единиц: 1 посёлок городского типа (Шексна) и 16 сельсоветов. Областным законом от 16 апреля 2025 года муниципальное образование "Шекснинский муниципальный район" и входящие в него муниципальные образования упразднены и преобразованы в муниципальное образование "Шекснинский муниципальный округ".