Дата принятия: Утверждён решением районного собрания Шекснинского района от 27.11.2002 года №179.
В Государственный геральдический регистр России внесён под №1349.
Описание: "В зелёном поле лазоревый столб, в котором серебряная ладья, входящая в створ зелёного шлюза. В нижней части - две серебряные волны. В вольной левой части - герб Вологодской области".
Герб Шекснинского муниципального района может существовать в двух равноправных версиях: полной - с вольной частью, упрощённой - без вольной части.
Обоснование символик: Символика герба Шекснинского муниципального района. Зелёный щит символизирует природные ресурсы района, основную территорию которого занимают леса. Они имеют не только природно-экологическое, но и промышленное значение. Лазоревый столб символизирует водные ресурсы, как природные, так и созданные искусственным путем (Волго-Балтийский канал, Шекснинское водохранилище), играющие важную роль в жизнедеятельности района (Шекснинская ГЭС). Серебряная ладья, входящая в зелёный створ шлюза, символизирует историческое значение и развитие водного пути, ставшего большой транспортной магистралью, которая имеет большое значение для экономики района. Две серебряные волны символизируют слияние рек Шексны и Углы, где стояло село Никольское - место, откуда начала расти и развиваться Шексна. Герб Вологодской области, помещенный в вольной части, указывает на территориальную принадлежность Шекснинского муниципального района.
Источники.