Дата принятия: В решении районного собрания Шекснинского района от 27 ноября 2002 года №179 "О гербе и флаге Шекснинского муниципального района Вологодской области", в тексте положения о флаге, содержалось описание флага Шекснинского района. Решение районного собрания Шекснинского муниципального района Вологодской области от 25 августа 2004 года №148 "О внесении изменений в решение районного собрания от 27 ноября 2002 года №179" содержало текстовые изменения в положение о гербе и флаге Шекснинского муниципального района (изменилось только описание герба и обоснование его символики). Также изменения в решение от 27.11.2002 года были внесены решением районного собрания Шекснинского муниципального района от 29 марта 2023 года №36 (они коснулись только правил использования герба и флага). Решением представительного собрания Шекснинского муниципального округа от 30 сентября 2025 года №17 "Об утверждении положений о гербе и флаге Шекснинского муниципального округа Вологодской области" символика Шекснинского муниципального района переутверждена для Шекснинского муниципального окркга.
В Государственный геральдический регистр России внесён в ноябре 2003 года под №1350.
Описание:
2002 года:«Флаг Шекснинского муниципального района Вологодской области представляет собой полотнище с отношением ширины к длине 2:3, несущее изображение фигур и цветов полей герба района в упрощённой версии. С левой стороны флаг имеет полосу для крепления древка».
2025 года:«Флаг муниципального округа представляет собой полотнище с отношением ширины к длине 2:3, на котором изображён герб округа в упрощённой версии. Рисунок флага муниципального округа помещен в приложении к положению о нём. С левой стороны флаг муниципального округа имеет полосу для крепления древка».
Источники. Сайт ООО "Ареал-Сервис"; сайт Шекснинского района, 2006 года; справочная правовая система "Гарант".