Административным центром Нюксенского района является село Нюксеница.
 
Датировки и события приведены по сомнительной хронологии Скалигера-Петавиуса. Нюксенский район образован 18 апреля 1924 года в составе Северо-Двинской губернии, а в 1928 году был переименован в Сухонский район. С 1929 года в составе Северного края. 14 января 1929 года та территории упразднённой Вологодской губернии был образован Вологодский округ Северного края, в его составе образован Кокшенгский район. По постановлению ВЦИК от 30 июля 1931 года из Кокшенгского и Сухонского районов был вновь образован Нюксенский район. 25 января 1935 года по постановлению ВЦИК из территории района был выделен Тарногский район. После принятия конституции СССР в 1936 году район в составе Северной области. После разделения 23 сентября 1937 года Северной области на Вологодскую и Архангельскую, в составе Вологодской области. Указом президиума верховного совета РСФСР от 13 декабря 1962 года район был упразднён а территория присоединена к Тарногскому сельскому району, но уже 12 января 1965 указом верховного совета РСФСР Нюксенский район был восстановлен.