Дата принятия: Флаг Нюксенского района утверждён постановлением комитета местного самоуправления Нюксенского муниципального района от 12 июля 2004 года №122 "О флаге Нюксенского муниципального района".
В Государственный геральдический регистр России внесён под №1564.
Описание: "Флаг Нюксенского муниципального района представляет собой прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3 жёлтого цвета, несущее изображение фигуры герба района в упрощённой версии".
Источники. Справочник "Гербы и флаги Вологодской области", Вологда, 2009 год.