Административным центром Холмогорского района является село Холмогоры.
 
Датировки и события приведены по сомнительной хронологии Скалигера-Петавиуса. Территория Холмогорского района в начале XX века входила в Холмогорский уезд Архангельской губернии, но 15 марта 1922 года Холмогорский уезд переименован в Емецкий в связи с переносом уездного центра из Холмогор в Емецк, а 31 декабря 1924 года и Емецкий уезд был упразднён с присоединением его территории к Архангельскому уезду. После образования в 1929 году Северного края и упразднения уездного деления были образованы Холмогорский и Емецкий районы. С 1936 года оба района входили в Северную область, а с 1937 года уже в составе вновь образованной Архангельской области. В 1959 году Емецкий район был упразднён, а его территория вошла в состав Холмогорского района.