Село Холмогоры входит в состав муниципального образования (муниципальный округ) Холмогорский муниципальный округ.
 
Датировки и события приведены по сомнительной хронологии Скалигера-Петавиуса. Село Холмогоры расположено на левом берегу реки Северная Двина. Местная традиция относит возникновение города к 1137 году (XII век), основываясь на грамоте Новгородского князя Святослава Ольговича. Основание Холмогор как города и столицы Поморской земли большинство исследователей относит к XIV веку. Поселение Холмогоры сложилось из нескольких деревень Двинской земли, которые находились вдоль Курополки, протоки Северной Двины. Впервые поселение упоминается как Ко́лмогоры в грамоте великого князя владимирского к двинскому посаднику между 1328 и 1340 годами. Первая деревянная крепость новгородцев появилась в конце XIV - начале XV века. В XVI-XVII веках Холмогоры представляли собой агломерацию нескольких посадов и деревень. В 1686 году они официально были объединены в единое поселение. Вплоть до начала XVII века Холмогоры были административным центр Подвинья, с 1587 года - резиденцией двинского воеводы. Расцвет Холмогор приходится на конец XVII века, когда вся торговля России с Западной Европой шла через Архангельск. В XVIII веке Холмогоры были центром Околопосадной и Волокопинежской трети Двинского (Архангельского) уезда Архангелогородской губернии. Уездный город Архангелогородской губернии в 1708-1780 годы, Архангельской области Вологодского наместничества (1780-1784 годы), Архангельской губернии (1784-1922 годы; до 1796 наместничество). Советская власть в Холмогорах была установлена в марте 1918 года. В августе 1918 - феврале 1920 года Холмогоры находились под контролем белых войск и войск Антанты. Холмогоры были волостным центром Емецкого (1922-1924 годы) и Архангельского (1924-1929 годы) уездов. В 1922 году центр Холмогорского уезда был перенесён в Емецк, а сам уезд переименован в Емецкий уезд. После упразднения Емецкого уезда в 1925 году Холмогоры вошли в состав Архангельского уезда. С 1925 года Холмогоры утратили статус города и стали селом. Холмогоры были районным центром административно-территориальной единицы "Холмогорский район" Архангельского округа Северного края (1929-1930 годы), Северного края (1930-1936 годы), Северной области (1936-1937 годы), с 1937 года (и по настоящее время) Архангельской области. В ходе реформы местного самоуправления (муниципальная реформа 2004-2006 годов) на всей территории села Холмогоры и прилегающих территорий и населённых пунктов (включая деревню Вавчуга) было создано муниципальное образование (сельское поселение) "Холмогорское". Законом Архангельской области от 24 октября 2014 года №202-11-ОЗ муниципальные образования (сельские поселения) "Ломоносовское" и "Холмогорское" объединены в сельское поселение "Холмогорское" с административным центром в селе Холмогоры. В 2022 году муниципальное образование (сельское поселение) "Холмогорское" было упразднено и Холмогоры вошли в состав муниципального образования (муниципальный округ) "Холмогорский муниципальный округ". Административно-территориальные единицы "Холмогорский сельсовет" и "Ломоносовский сельсовет" продолжают существовать.