Деревня Большая Гора входит в состав муниципального образования Холмогорский муниципальный округ.
 
Датировки и события приведены по сомнительной хронологии Скалигера-Петавиуса. Деревня Большая Гора ранее также имела альтернативные названия Гора, Горская, Черняевогорская и село Сийское. На 1859 год село Сийское Емецкой волости 2-го стана Холмогорского уезда Архангельской губернии. В 1905 году была отмечена как деревня Гора Холмогорского уезда Архангельской губернии. В ходе реформы местного самоуправления (муниципальная реформа 2004-2006 годов) деревня Большая Гора вошла в состав муниципального образования (сельское поселение) "Емецкое" в составе муниципального района "Холмогорский район". В 2022 году муниципальное образование (сельское поселение) "Емецкое" было упразднено и деревня Большая Гора вошла в состав муниципального образования (муниципальный округ) Холмогорский муниципальный округ.