Дата принятия: Утверждён решением собрания депутатов №60 от 15 декабря 2010 года.
В Государственный геральдический регистр России внесён под №6785.
Описание: "Прямоугольное голубое полотнище с отношением ширины к длине 2:3 с изображением фигур герба района: белых волн, на которых жёлтая ладья и над ней белый квадрант".
Обоснование символики: Флаг разработан на основе герба Холмогорского муниципального района. Холмогорская земля имеет богатую историю и культурные традиции, которые нашли отражение в гербе Холмогорского муниципального района. Село Холмогоры известно с XIV столетия. До основания Архангельска, Холмогоры были административным и торговым центром Придвинья. Символика ладьи в гербе района многозначна:
- ладья как морское и речное судно указывает на то, что расположенное на берегу Северной Двины, село Холмогоры стало первым русским международным морским портом. Именно отсюда в 1492 году отправилось в Европу посольство Ивана III;
- ладья, поддерживаемая двумя волнами, напоминает очертаниями колыбель - аллегория Холмогорской земли, которая стала колыбелью многих известных людей: великого русского учёного Михаила Васильевича Ломоносова, поэта Николая Рубцова, писателя Николая Жернакова. С этими местами связаны судьбы многих выдающихся людей, деятелей науки и искусства;
- ладья и астрономический инструмент - квадрант символизируют мореходную школу, открытую в Холмогорах в 1781 году и являющейся старейшей морским училищем нашей страны.
Квадрант в гербе Холмогорского муниципального района заимствованный из исторического герба уездного города Холмогоры, подчеркивает единство территории и неразрывность истории двух муниципальных образований. Орнаментальное украшение волн символизирует холмогорские художественные промыслы, один из которых - резьба по кости является визитной карточкой района. Серебро - символ чистоты, совершенства, мира и взаимопонимания. Золото - символ урожая, богатства, стабильности, уважения, интеллекта. Голубой цвет - символ чести, благородства, духовности, возвышенных устремлений; цвет бескрайнего неба и водных просторов.
Авторская группа:
идея: Константин Мочёнов (г. Химки), Евгений Бельков (г. Архангельск);
художник и компьютерный дизайн: Ольга Салова (г. Москва);
обоснование символики: Кирилл Переходенко (г. Конаково).
Источники.