Административным центром Вагайского района является село Вагай.
 
Гербы и эмблемы имеют также входящие в состав района административно и расположенные в нём территориально следующие муниципальные образования, населённые пункты и др.: д. Вершинская, сп. Дубровное, д. Полуянова.
 
Датировки и события приведены по сомнительной хронологии Скалигера-Петавиуса. Вагайский район образован на основании постановления ВЦИК от 7 января 1932 года в составе Уральской области. В район вошло 34 сельсовета из Дубровинского и Черноковского районов: Ашлыкский, Бакшеевский, Бегитинский, Бегишевский, Берёзовский, Быковский, Вагайский, Вершинский, Второсалинский, Домнинский, Дубровинский, Евстафьевский, Загваздинский, Казанский, Карагайский, Копотиловский, Лайминский, Ленинский, Малюгинский, Митькинский, Мысаевский, Первосалинский, Птицкий, Пузыревский, Ренчинский, Супринский, Сычёвский, Тукузский, Ушаковский, Фатеевский, Черёмуховский, Черноковский, Шестовский, Экстезерский. 17 января 1934 года постановлением ВЦИК включён в состав Обско-Иртышской области. 7 декабря 1934 года постановлением ВЦИК передан из упразнённой Обско-Иртышской области в состав Омской области. 25 января 1935 года - во вновь образованный Дубровинский район переданы сельсоветы: Бекшеевский, Бегишевский, Берёзовский, Быковский, Второсалинский, Дубровинский, Загваздинский, Казанский, Карагайский, Мысаевский, Первосалинский, Ренчинский, Супринский, Фатеевский, Черемуховский, Экстезерский. В состав района вошли Александровский, Вагайский и Куларовский сельсоветы, переданные из Тобольского района. В связи с тем, что в районе стало два Вагайских сельсовета, один из них был переименован в Первовагайский, второй (переданный из Тобольского района) - во Второвагайский. 10 декабря 1935 года вошёл в состав вновь образованного Тобольского административного округа. 4 декабря 1938 года - Александровский сельсовет передан в Ярковский район. 14 августа 1944 года передан во вновь образованную Тюменскую область. 17 июня 1954 года упразднены Евстафьевский, Ленинский, Малюгинский и Пузыревский сельсоветы. 22 мая 1958 года Лайминский сельсовет переименован в Малюгинский. 28 мая 1960 года Сычёвский сельсовет переименован в Кордонский. 1 февраля 1963 года район укрупнён с включением в его состав территории упразднённого Дубровинского района. 29 февраля 1964 года упразднён Экстезерский сельсовет. 28 января 1971 года образован Первомайский сельсовет. Бегитинский и Кордонский сельсоветы упразднены. 24 декабря 1974 года образован Зареченский сельсовет. 31 января 1978 года упразднён Копотиловский сельсовет. 17 октября 1979 года упразднён Малюгинский сельсовет. 22 февраля 1982 года Ашлыкский сельсовет переименован в Шишкинский, Митькинский - в Казанский. 5 ноября 1984 года упразднены Второвагайский, Домнинский и Курьинский сельсоветы.