Дата принятия: Флаг Вагайского района утверждён решением думы объединённого муниципального образования Вагайский район от 24 ноября 2003 года №56.
Описание: "Флаг объединённого муниципального образования Вагайский район (далее флаг Вагайского района) представляет собой прямоугольное полотнище из трёх равных по ширине горизонтальных полос: верхней - синего цвета, средней - красного цвета и нижней - зелёного цвета с наложением на них со стороны дерева прямоугольного равнобедренного треугольника белого цвета. По середине треугольника расположена эмблема зелёного цвета, которая в точности воспроизводит границы ОМО Вагайский район. Отношение ширины флага к его длине 2:3".
Источники. Официальный сайт Вагайского района, 2012 год.