Дата принятия: Флаг Вагайского района утверждён решением думы Вагайского муниципального района от 23 декабря 2011 года №242 "О символике (гербе и флаге) Вагайского муниципального района".
Описание: "Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, состоящее из трёх равных вертикальных полос - зелёной, синей и зелёной и несущее два стилизованных изображения кедров, выполненных жёлтым цветом и расположенных на границах полос; в нижней половине полотнища изображены белые полумесяц со звездой и равноконечный крест, перекрывающие изображения кедров в части стволов. Обратная сторона аналогична лицевой".
Обоснование символики: Кедры служат указанием на лесные богатства территории, в особенности, на кедрачи. Полумесяц и крест символизируют собой историю заселения и освоения края сибирскими татарами и русскими переселенцами. Ограниченное зелёными краями синее поле указывает на обилие водоёмов и протекающую по территории района реку Иртыш.
Источники.