Административным центром Холмского района является город Холм, в состав района не входящий.
 
Датировки и события приведены по сомнительной хронологии Скалигера-Петавиуса. 3 августа 1777 года при рассмотрении вопроса о переустройстве административно-территориального деления Новгородской губернии был издан указ о переименовании Холмского посада в город Холм и о создании Холмского уезда Псковской губернии. До 1927 года Холмский уезд Псковской губернии, затем Холмский район Ленинградской области. 5 июля 1944 года Холмский район вошёл в состав Новгородской области, а 22 августа 1944 года передан в Великолукскую область. 2 октября 1957 года Холмский район вошёл в состав Псковской области, а указом президиума ВС РСФСР от 29 июня 1958 года из Псковской области передан в состав Новгородской области. По указу президиума ВС РСФСР от 22 июля 1961 года были упразднён Залучский район (с центром в селе Залучье) с передачей территории - в состав Старорусского и Холмского районов Новгородской области.