Город Клинцы является административным центром Клинцовского городского округа и Клинцовского района, но в состав района не входит.
 
Датировки и события приведены по сомнительной хронологии Скалигера-Петавиуса. Из переписной книги "Слобода Клинцы", составленной в 1729 году по указанию царского правительства известно, что "слобода поселена на речке Туросне в 1707 году" и что "оную слободу осаживал Костромского уезда дворцовой Государевой Даниловской волости крестьянин Василий Афанасьев, сын Клинцов". О существовании слободы Клинцова и других старообрядческих поселений на Стародубщине правительсто не знало до вторжения в Малороссию шведских захватчиков. Жители слободы Клинцова, соседних слобод и посадов вели партизанскую войну со шведами. Пётр I высоко оценил их патриотические действия в борьбе с врагом и не только простил им побег из центральной России, но и закрепил за ними указом 1715 года земли, на которых они поселились. В 1782 году по указу императрицы Екатерины II слобода Клинцы получила статус посада. В 1812-1814 годах купцом Василием Афанасьевичем Лихомановым построена первая суконная фабрика, а в 1832-1834 годах началось строительство ткацких фабрик купцами Исаевым, Аксёновым, Зубовым, Степуниным, Сапожковым, Барышниковым. Посад Клинцы во II половине XIX века превращается в один из центров текстильной промышленности России. В 1887 году Клинцы были соединены железной дорогой с Москвой, Брянском, Гомелем, что имело огромное значение для дальнейшего развития посада. Во время гражданской войны 14 апреля 1918 года Клинцы были оккупированы австро-германскими войсками. 13 декабря 1918 года 1-ый Украинский полк под командованием Н. А. Щорса освободил город от немецкой оккупации. В 1918 году по Брестскому договору находился в Украинской народной республике, Черниговская губерния, Суражский уезд. С 11 июля 1919 года - в составе Гомельской губернии РСФСР, Суражский уезд. В 1921 году центр уезда был перенесён из Суража в Клинцы Гомельской губернии, а в 1925 году получает статус города. Клинцовский уезд Гомельской губернии в 1926 году был передан в состав Брянской губернии. С 14 января 1929 года город Клинцы входил в состав Западной области, где был центром Клинцовского округа и Клинцовского района. С 1936 года Клинцы - город областного подчинения. С 19 октября 1937 года город Клинцы входил в Орловскую область, а с 5 июля 1944 года находится в составе Брянской области. Во время Великой Отечественной войны город был оккупирован с 20 августа 1941 года по 25 сентября 1943 года. Городской округ "город Клинцы" образован в результате проведения муниципальной реформы в 2005 году, в границах территории дореформенного Клинцовского горсовета.