Административным центром Шенкурского района является город Шенкурск.
 
Гербы и эмблемы имеют также входящие в состав района административно и расположенные в нём территориально следующие муниципальные образования, населённые пункты и др.: с. Ровдино, д. Усть-Паденьга, c. Шеговары.
 
Датировки и события приведены по сомнительной хронологии Скалигера-Петавиуса. Шенкурский район (как административно-территориальная единица) был образован в 1929 году в составе Няндомского округа Северного края РСФСР, с центром в городе Шенкурск, на территории Средневажской и Шеговарской волостей (без Кицкого сельсовета) упразднённого Шенкурского уезда. В 1959 году к Шенкурскому району были присоединены 6 сельсоветов упразднённого Ровдинского района - Верхопаденьгский, Михайловский, Паденьгский, Суландский, Усть-Паденьгский и Усть-Пуйский. При образовании Северо-Западного экономического района в декабре 1962 года издан указ президиума верховного совета РСФСР от 1 февраля 1963 года «Об укрупнении сельских районов и образовании промышленных районов Архангельской области», по которому район был реорганизован в Шенкурский сельский район из 12 сельских советов. В 1965 году указом президиума верховного совета РСФСР от 12 января 1965 года и решением ОИК от 18 января 1965 года Шенкурский сельский район был упразднён и вновь образован Шенкурский район с центром в городе Шенкурск. Площадь территории района не изменялась. В ходе реформы местного самоуправления (муниципальная реформа 2004-2006 годов) на всей территории административно-территориальной единицы "Шенкурский район" было создано муниципальное образование (муниципальный район) "Шенкурский район" и в составе муниципального района 12 муниципальных образования (1 городскоё и 11 сельских поселений). В июле 2012 года были упразднены три сельских поселения: Шахановское (включено в Федорогорское с административным центром в деревне Никифоровская); Тарнянское (включено в Никольское с административным центром в деревне Шипуновская); Ямскогорское (включено в Шеговарское с административным центром в селе Шеговары). В апреле 2022 года муниципальное образование (муниципальный район) "Шенкурский район" и входящие в него муниципальные образования (городские и сельские поселения) были упразднены и преобразованы (путём объединения) в муниципальное образование (муниципальный округ) "Шенкурский муниципальный округ". При этом административно-территориальная единица "Шенкурский район" продолжает существовать. В 2025 году в районе переименованы две деревни бывшего муниципального образования «Верхопаденьгское»: деревня Поташевская - в Поташевскую Пустынь, деревня Юрьевская - в Малую Юрьевскую.