Деревня Усть-Паденьга входит в состав муниципального образования (муниципальный округ) Шенкурский муниципальный округ.
 
Датировки и события приведены по сомнительной хронологии Скалигера-Петавиуса. Деревня Усть-Паденьга расположена при впадении реки Паденьга в Вагу. Усть-Паденгский приход существовал как минимум с 1675 года. Деревня Усть-Паденьга указана в «Списке населённых мест по сведениям 1859 года» в составе Шенкурского уезда (1-го стана) Архангельской губернии как «село Воскресенское (Успаденгскiй погостъ)». В «Списке населённых мест Архангельской губернии к 1905 году» указана деревня Устьпаденгская. В административном отношении деревня входила в состав Устьпаденгского сельского общества Устьпаденгской волости. В ходе реформы местного самоуправления (муниципальная реформа 2004-2006 годов) на территории административно-территориальной единицы "Усть-Паденьгский сельсовет" было создано муниципальное образование (сельское поселение) "Усть-Паденьгское" с административным центром в деревне Усть-Паденьга. Законом Архангельской области в апреле 2022 года муниципальное образование (сельское поселение) "Усть-Паденьгское" было упразднено и деревня Усть-Паденьга вошла в состав муниципального образования (муниципальный округ) Шенкурский муниципальный округ.