Посёлок городского типа Малошуйка входит в состав муниципального образования Онежский муниципальный округ.
 
Датировки и события приведены по сомнительной хронологии Скалигера-Петавиуса. Посёлок городского типа Малошуйка расположен на реке Малошуйка. Волость Малая Шуйка Турчасовского стана Каргопольского уезда, принадлежавшая Кожеозерскому монастырю, впервые упоминается под 1638 годом. Статус посёлка городского типа Малошуйка получила 20 августа 1943 года. В 1963-1965 годах Малошуйка входила в состав Плесецкого промышленного района. В ходе реформы местного самоуправления (муниципальная реформа 2004-2006 годов) на территории административно-территорриальной единицы "Малошуйский поселковый совет" и прилегающих поселений (включая деревни Кушерека и Унежма) образовано муниципальное образование (городское поселение) "Малошуйское" с администативным центром в посёлке городского типа Малошуйка. В 2024 году муниципальное образование (городское поселение) "Малошуйское" было упразднено и посёлок городского типа Малошуйка вошёл в состав муниципального образования (муниципальный округ) Онежский муниципальный округ.