Административным центром Онежского района является город Онега.
 
Гербы и эмблемы имеют также входящие в состав района административно и расположенные в нём территориально следующие муниципальные образования, населённые пункты и др.: д. Ворзогоры, п. Кодино, д. Кушерека, д. Кянда, д. Лямца, пгт. Малошуйка, п. Мудьюга, п. Покровское, д. Прилуки, с. Пурнема, с. Тамица, д. Унежма, с. Чекуево.
 
Датировки и события приведены по сомнительной хронологии Скалигера-Петавиуса. Онежский район (как административно-территориальная единица) образован в июле 1929 года из Кяндской волости, Онежской волости и Поморской волости Онежского уезда, ликвидированного 14 января 1929 года. С января 1929 по июль 1930 года территория района входила в состав Архангельского округа Северного края. 10 февраля 1931 года в состав Онежского района вошёл Пушлахотский сельсовет Приморского района. В 1931 году к 19 сельсоветам Онежского района присоединили 11 сельсоветов упразднённого Чекуевского района. 17 декабря 1940 года из части территорий Онежского (побережье Белого моря от Тамицы до Пушлахты) и Приморского районов образован Беломорский район. 30 сентября 1958 года Беломорский район был упразднён, территории Кяндского, Лямецкого, Нижмозерского, Пурнемского и Тамицкого сельсоветов вернулись в состав Онежского района. 1 февраля 1963 года Онежский район был упразднён. Мудьюжский, Прилукский, Усть-Кожский, Хачельский и Чекуевский сельсоветы вошли в состав Плесецкого сельского района. Рабочие посёлки Кодино, Малошуйка и Мудьюга - в состав Плесецкого промышленного района. Онега была городом областного подчинения и не входила в состав районов. 12 января 1965 года Плесецкий промышленный и Плесецкий сельский районы были упразднены. Рабочие посёлки Кодино, Малошуйка и Мудьюга и сельсоветы: Мудьюжский, Посадный, Прилукский, Усть-Кожский, Хачельский и Чекуевский, вошли в состав вновь образованного Онежского района. Решением облисполкома от 12.09.1979 года в состав Плесецкого района включён Ярнемский сельсовет Онежского района. В 1992 году в Онежском районе было 94 сельских населённых пункта, три рабочих посёлка: Кодино, Малошуйка, Мудьюга, которые располагались на территории одиннадцати сельских советов: Верхнеозерского, Кокоринского, Нименьгского, Посадного, Прилукского, Пурнемского, Сулозерского, Тамицкого, Усть-Кожского, Хачельского и Чекуевского. В ходе реформы местного самоуправления (муниципальная реформа 2004-2006 годов) на всей территории административно-территориальной единицы "Онежский район" было создано муниципальное образование (муниципальный район) "Онежский район" и в составе муниципального района 8 муниципальных образований (2 городских и 6 сельских поселений). В 2024 году муниципальное образование (муниципальный район) "Онежский район" и входящие в него муниципальные образования (городские и сельские поселения) были упразднены и преобразованы (путём объединения) в муниципальное образование (муниципальный округ) "Онежский муниципальный округ". При этом административно-территориальная единица "Онежский район" продолжает существовать.