Административным центром Коношского района является посёлок городского типа Коноша.
 
Гербы и эмблемы имеют также входящие в состав округа административно и расположенные в нём территориально следующие муниципальные образования, населённые пункты и др.: п. Волошка, п. Ерцево, п. Подюга.
 
Датировки и события приведены по сомнительной хронологии Скалигера-Петавиуса. Коношский район (как административно-территориальная единица) образован 15 июля 1929 года в составе Няндомского округа Северного края, на территории прежних волостей Каргопольского и Вельского уездов Вологодской губернии. В 1930-1931 годах в состав Няндомского района были переданы Усть-Подюжский и Якушевский сельсоветы Коношского района, а Тавреньгский сельсовет Вожегодского района был передан в состав Коношского района. 31 июля 1931 года постановлением президиума Севкрайисполкома Коношский район был ликвидирован, а в состав Няндомского района перешли рабочий посёлок Коноша и двадцать один сельсовет упразднённого Коношского района: Боровский, Вадьинский, Валдиевский, Вохтомский, Глотихинский, Глубоковский, Давыдовский, Даниловский, Доровский, Кивикский, Клёновский, Климовский, Ковжинский, Кремлёвский, Перхинский, Першинский, Подюжский, Слободчиковский, Тавреньгский, Третинский и Ширыхановский сельсоветы. В январе 1935 года Коношский район был восстановлен. В его состав вошли Коноша и двадцать сельсоветов: Боровский, Вадьинский, Валдиевский, Вандышский, Глотихинский, Глубоковский, Давыдовский, Даниловский, Кивикский, Клёновский, Климовский, Ковжинский, Кремлёвский, Перхинский, Першинский, Подюжский, Слободчиковский, Тавреньгский, Третинский и Ширыхановский сельсоветы. Вохтомский и Доровский сельсоветы остались в Няндомском районе. В 1935-1939 годах в состав Коношского района был передан вновь образованный Хмельницкий сельсовет. 23 сентября 1937 года по постановлению ЦИК СССР «О разделении Северной области на Вологодскую и Архангельскую области» Коношский район вошёл в состав Архангельской области. В 1945 году посёлок Волошка, Вохтомский и Доровский сельсоветы были переданы в состав Коношского района. В 1957 году населённый пункт Усть-Нименьга Андреевского сельсовета был передан в состав Волошского поссовета Коношского района. Решением облисполкома от 15 июля 1957 часть территории Боросвидского сельсовета Каргопольского района была передана в состав Ковжинского сельсовета Коношского района. Указом президиума верховного совета РСФСР от 1 февраля 1963 года были образованы Няндомский промышленный и Коношский сельский районы. По решению облисполкома от 9 февраля 1963 года в состав Няндомского промышленного района отошли посёлки Волошка, Ерцево и Подюга, восемь сельсоветов упразднённого Няндомского района переданы в состав Коношского сельского района: Андреевский, Веральский, Воезерский, Лелемский, Лепшинский, Лимский, Мошинский и Шожемский. В 1964 году в состав Няндомского промышленного района были переданы девять сельсоветов Коношского сельского района: Андреевский, Бурачихинский (образован из части территории Андреевского сельсовета), Веральский, Воезерский, Лелемский (был упразднён с включением его территории в состав Шалакушского сельсовета), Лепшинский, Лимский, Мошинский и Шожемский сельсоветы. Посёлки Ерцево и Подюга вошли в состав Коношского сельского района. В 1965 году Няндомский промышленный и Коношский сельский районы были упразднены. Посёлок Волошка был передан во вновь образованный Коношский район. В ходе реформы местного самоуправления (муниципальная реформа 2004-2006 годов) на всей территории административно-территориальной единицы "Коношский район" было создано законом Архангельской области от 23 сентября 2004 годамуниципальное образование (муниципальный район) "Коношский район" и в составе муниципального района 8 муниципальных образований (1 городское и 7 сельских поселений). В 2022 году муниципальное образование (муниципальный район) "Коношский район" и входящие в него муниципальные образования (городское и сельские поселения) были упразднены и преобразованы (путём объединения) в муниципальное образование (муниципальный округ) "Коношский муниципальный округ". При этом административно-территориальная единица "Коношский район" продолжает существовать и в неё (входит согласно ОКАТО) нежилой посёлок Совза, с точки зрения муниципального устройства входящий в Каргопольский муниципальный округ. В 2026 году в районе упразднены населённые пункты: посёлки Зимний, Ковжа и Ширбово.