Административным центром Няндомского района является город Няндома.
 
Гербы и эмблемы имеют также входящие в состав района административно и расположенные в нём территориально следующие муниципальные образования, населёённые пункты и др.: сп. Мошинское, ст. Шожма.
 
Датировки и события приведены по сомнительной хронологии Скалигера-Петавиуса. Няндомский район образован в июле 1929 года в составе Няндомского округа Северного края РСФСР, на территории прежних волостей Каргопольского уезда Вологодской губернии (до 14 января 1929 года) - Андреевской, Большесторонской, Воезерской, части Мелентьевской и Мошинской волостей. С 1931 года по 1935 год в состав Няндомского района входили сельсоветы упразднявшегося тогда Коношского района, Вохтомский и Доровский сельсоветы при этом остались в Няндомском районе. 23 сентября 1937 года, по постановлению ЦИК СССР «О разделении Северной области на Вологодскую и Архангельскую области», Няндомский район вошёл в состав Архангельской области. В 1935-1939 годах в состав Коношского района из Няндомского был передан Хмельницкий сельсовет, в состав Ровдинского района - Верхопуйский сельсовет. В 1945 году посёлок Волошка, Вохтомский и Доровский сельсоветы были переданы в состав Коношского района. В 1954 году Ковкольский сельсовет был присоединён к Мошинскому сельсовету, Елгомский сельсовет - к Канакшанскому сельсовету, Шултусский сельсовет - к Андреевскому сельсовету. В 1957 году населённый пункт Усть-Нименьга Андреевского сельсовета был передан в состав Волошского поселкового совета Коношского района. В 1963 году в связи с введением деления на сельские и промышленные районы, в составе Архангельской области был образован Няндомский промышленный район с центром в рабочем посёлке Няндома. Решением Архангельского облисполкома от 9 февраля 1963 года в состав Няндомского промышленного района вошёл рабочий посёлок Шалакуша упразднённого Няндомского района и три рабочих посёлка вновь упразднённого Коношского района: Волошка, Ерцево и Подюга. В марте 1964 года в состав Няндомского промышленного района был включён Кирюгский сельсовет Кирилловского сельского района Вологодской области. 14 августа 1964 года Кирюгский сельский совет был упразднён решением Архангельского облисполкома, а его территории была включена в состав Ерцевского поселкового совета. Решением Архангельского облисполокома от 9 октября 1964 года в состав Няндомского промышленного района были переданы девять сельсоветов Коношского сельского района: Андреевский, Бурачихинский, Веральский, Воезерский, Лелемский (был упразднён с включением его территории в состав Шалакушского сельсовета), Лепшинский, Лимский, Мошинский и Шожемский, а рабочие посёлки Ерцево и Подюга были переданы в состав Коношского сельского района. Указом президиума верховного совета РСФСР от 12 января 1965 года и решением Архангельского облисполкома от 18 января 1965 года Няндомский промышленный район был упразднён. Андреевский, Бурачихинский, Веральский, Воезерский, Лепшинский, Лимский, Мошинский и Шожемский сельсоветы, город Няндома и рабочий посёлок Шалакуша вошли в состав вновь образованного Няндомского района. Рабочий посёлок Волошка был передан в состав вновь образованного Коношского района. В ходе реформы местного самоуправления (муниципальная реформа 2004-2006 годов) на всей территории административно-территориальной единицы "Няндомский район" было создано муниципальное образование (муниципальный район) "Няндомский район" и в составе муниципального района 3 муниципальных образования (1 городское и 2 сельских поселения). К 1 июня 2022 года муниципальное образование (муниципальный район) "Няндомский район" и входящие в него муниципальные образования (городские и сельские поселения) были упразднены и преобразованы (путём объединения) в муниципальное образование (муниципальный округ) "Няндомский муниципальный округ". При этом административно-территориальная единица "Няндомский район" продолжает существовать. В 2026 году в районе упразднён посёлок Мирный.