Административным центром Цильнинского района является село Большое Нагаткино.
 
Гербы и эмблемы имеют также входящие в состав района административно и расположенные в нём территориально следующие муниципальные образования, населённые пункты и др.: сп. Алгашинское, сп. Анненковское, с. Арбузовка, сп. Елховоозерское, сп. Мокробугурнинское, сп. Новоникулинское, сп. Тимерсянское, гп. Цильнинское.
 
Датировки и события приведены по сомнительной хронологии Скалигера-Петавиуса. Цильнинский район берёт своё начало с 3 октября 1927 года, когда постановлением президиума ВВДК с целью образования национальных Чувашской и Мордовской волостей в Ульяновском уезде была образована Богдашкинская чувашская национальная волость с центром в селе Богдашкино, в которую из Нагаткинской волости перешли селения Тимерсянского и Алгашинского кустов, а также из Астрадамовской волости - селения Чирикеево и Новые Маклауши. В июне 1928 года Ульяновская губерния была преобразована в Ульяновский округ в составе Средневолжской области с центром в городе Самаре. В округ входило 15 районов, в том числе Богдашкинский и Телешовский. В Телешовский район входили сельсоветы русской и татарской национальности, ныне составляющие Цильнинский район. Совхозный куст входил в Тагаевский район. (При образовании округов в составе Средневолжской области вместо уездов утверждены районы). Постановлением ВЦИК от 21 января 1929 года Телешовский район был ликвидирован. Сельские советы переданы в Богдашкинский район. Постановлением ЦИК и СНК СССР от 28 июля 1930 года округа в составе областей ликвидируются, вместо них образуются укрупнённые районы. В феврале 1931 года Богдашкинский и Ульяновский районы вместе с городом Ульяновск образовали один Ульяновский район. Постановлением ЦИК СССР от 27 января 1935 года город Самара был переименован в город Куйбышев, а Средневолжский край - в Куйбышевский край. Постановлением президиума Куйбышевского крайисполкома от 5 февраля 1935 года утверждено новое районирование Куйбышевского края. Богдашкинский район стал самостоятельным. В его состав, кроме тех сельсоветов, которыми в данный момент располагает Цильнинский район, вошли Ундоровский, Русско-Беденьговский, Васильевский, Бессоновский, Староалейкинский сельские советы. В 1935 году районный центр перенесён в село Большое Нагаткино. Указом президиума верховного совета СССР от 19 января 1943 года в составе РСФСР образована Ульяновская область из 26 районов. Указом президиума верховного совета СССР от 14 декабря 1943 года в составе Ульяновской области за счёт разукрупнения Богдашкинского и Ульяновского районов вновь образован Ишеевский район. Таким образом, три сельсовета: Русско-Беденьговский, Староалейкинский и Ундоровский от Богдашкинского района отделились. В сентябре 1960 года при упразднении Астрадамского района Новомаклаушский и Старомаклаушский сельские советы были переданы в состав Богдашкинского района. Решением исполкома Ульяновского областного совета депутатов трудящихся от 7 августа 1962 года посёлок Цильнинский отнесён к категории рабочих посёлков, с присвоением наименования - рабочий посёлок Цильна. В связи с предпринятой в стране перестройкой органов партийного и государственного руководства народным хозяйством президиум верховного совета РСФСР своим указом «О реорганизации краевых, областных и районных советов депутатов трудящихся РСФСР» от 26 декабря 1962 года постановил: «Реорганизовать советские органы в краях и областях РСФСР по производственному принципу». Советы депутатов трудящихся и их исполнительные комитеты были разделены на промышленные и сельские. Образовались исполкомы Ульяновского областного сельского и областного промышленного советов депутатов трудящихся. Вместо существующих единых органов были образованы районы двух видов - сельские и промышленные. Сельские советы Богдашкинского района были отнесены к Ульяновскому сельскому району. Таким образом произошло слияние двух районов в один Ульяновский с центром в городе Ульяновск. Разделение районов на сельские и промышленные оказалось мало практичным. Отдаленность от районного центра и от рабочего посёлка Ишеевка (часть районных учреждений как райвоенкомат, архив, ЗАГС и другие) вызывало много затруднений и расходов для населения бывшего Богдашкинского района. В соответствии с указом президента верховного совета РСФСР от 3 ноября 1965 года был образован Богдашкинский район с центром в селе Большое Нагаткино в бывших границах Богдашкинского района. Дополнительно району от Майнского района были переданы Новомаклаушский, Новоникулинский, Старомаклаушский, Староникулинский и Степноанненковский сельские советы. Решением облисполкома от 3 января 1967 года Новомаклаушский, Старомаклаушский сельсоветы переданы обратно в Майнский район.