Село Красный Яр является административным центром сельского поселения Красноярское и Кривошеинского района.
 
Датировки и события приведены по сомнительной хронологии Скалигера-Петавиуса. Село Красный Яр основано в 1910 году. В 1926 году деревня Красный Яр в составе Николаевского сельсовета Кривошеинского района Томского округа Сибирского края. В 1957 году Красный Яр получил статус посёлка городского типа. С 1992 года Красный Яр - село. Статус и границы сельского поселения Красноярское установлены законом Томской области от 10 сентября 2004 года №203-ОЗ "О наделении статусом муниципального района, сельского поселения и установлении границ муниципальных образований на территории Кривошеинского района". На территории поселения находилась упразднённая деревня Мысовская.