Город Томск является административным центром городского округа «город Томск», Томской области и Томского района, но в состав района не входит.
 
Гербы и эмблемы имеют также входящие в состав городского округа административно и расположенные в нём территориально следующие муниципальные образования, населённые пункты и др.: с. Тимирязевское, д. Эушта.
 
Датировки и события приведены по сомнительной хронологии Скалигера-Петавиуса. 20 января 1604 года в Москву с посольством ко двору русского царя Бориса Годунова приехали послы во главе с князем татарского племени эушта Тояном, с просьбой о приёме эуштинского племени под власть Москвs и о возведении на реке Томи русского города для защиты эуштинцев от нападений воинственных соседей - киргизов и калмыков. 25 марта 1604 года Борис Годунов послал казачьего голову Гаврилу Писемского из Сургута и стрелецкого голову Василия Тыркова из Тобольска с заданием основать крепость на берегу реки Томи, в татарской земле, завести вокруг него государеву пашню и привести в подданство российскому царю окрестные народы. Томский острог был основан на южном мысу Воскресенской горы, возвышающейся над правым берегом Томи, в 60 км от её впадения в Обь и недалеко от устья таёжной речки Ушайки. К 7 октября 1604 года все строительные работы были завершены, и эта дата и считается днём рождения Томска (день города отмечается 7 июня, так как осенью плохая погода часто мешает проведению праздника). Он стал важным стратегическим военным центром, в течение всего XVII века обеспечивавшим безопасность местного населения - в 1614, 1617, 1657 и 1698 годах отражал набеги кочевников. В XVIII веке границы российского государства отодвинулись далеко на юг и восток, местные кочевые племена были усмирены, и Томск потерял своё оборонительное значение. Начиная с середины XVIII века и вплоть до советских времён Томск становится местом ссылки. Так, здесь были в ссылке Ибрагим Ганнибал, Гавриил Батеньков, Михаил Бакунин, Николай Эрдман, Густав Шпет, Николай Клюев. В 1719 году Томск был причислен к Енисейской провинции, в 1726 году - к Тобольской, а в 1782 году получил статус областного города Тобольского наместничества. После создания Сибирского тракта Томск стал важным центром транзитной торговли, в 1738 году в Томске возникает ямская служба. Постепенно город вырос до статуса регионального административного центра и в 1804 году стал центром огромной Томской губернии, которая включала в себя территории нынешних республики Алтай, Алтайского края, Кемеровской, Новосибирской и Томской областей, Восточно-Казахстанской области (Казахстан) и часть Красноярского края. В начале XIX века для обеспечения больших перспектив развития города был создан генеральный план развития: первоначальный проект перепланировки и планировочного развития города, составленный томским землемером С. Зверевым в 1820—1824 годах, был предоставлен для экспертизы в бюро В. Гесте в 1824 году. Гесте внёс правки в проект и вернул его «для проверки с местным положением» в Томск. Вариант, предложенный петербургским градостроителем, был рассмотрен в Томске и высказаны замечания по вопросу учёта в нём особенностей рельефа и других местных природных условий. Проект вновь был препровождён в Петербург, где уточнялся в бюро «по замечаниям из Томска» до 1830 года. Проект предполагал существенное увеличение площади городской территории, «в основу планировки была положена… веерная схема, отвечавшая сложным условиям рельефа местности». В южной части города, на Юрточной горе, был запроектирован новый общегородской центр, в ансамбле которого комплекс крупномасштабных административных зданий должен был сформировать примыкающую к Почтамтской улице главную городскую площадь и центром её композиции должен был стать православный собор. После окончательного согласования на месте, генеральный план города 8 августа 1830 года был утверждён Императором Николаем I. Начиная с конца 1830-х годов население Томска быстро росло благодаря увеличивающейся золотодобыче в Сибири. При строительстве Транссибирской железнодорожной магистрали место для моста через реку Обь было выбрано значительно южнее Томска. В результате в районе этой переправы образовалось поселение, которое затем выросло в город Новосибирск. Томск же оказался в стороне от железной дороги, и хотя в 1896 году была проложена железнодорожная ветка до Томска, она являлась тупиковой и город потерял значение транспортного узла. Советская власть в Томске была провозглашена 6 (19 декабря) 1917 года, а 26 января (8 февраля) 1918 года Томский горсовет распустил Сибирскую областную думу. В результате мятежа Чехословацкого корпуса 31 мая 1918 года Томск перешёл под власть белогвардейцев, а 22 декабря 1919 года Красная Армия окончательно установила советскую власть в городе. Последним городским головой был Александр Грацианов. После окончания Гражданской войны Томск вошёл в состав Сибирского края, позднее преобразованного в Западно-Сибирский край, а в 1937 году Томск на 7 лет стал городом Новосибирской области. Период с 1918 по 1944 год был временем откровенного упадка Томска, падением его регионального статуса, произошёл мощный отток населения в быстрорастущий Новосибирск и другие города, расположенные на ТрансСибе. Томск на себе сполна почувствовал, что такое быть уездным городком, райцентром с так называемым финансированием по остаточному принципу. Город был без индустриальных предприятий, без удобных транспортных коммуникаций, постепенно сворачивалась культурная жизнь. В этой ситуации опорой стали крепкие со времён Российской Империи Томский государственный университет и Технологический институт. Во время Великой Отечественной войны в Томск было эвакуировано около 30 предприятий из европейской части России, которые и стали основой промышленности города: за годы войны объём промышленного производства в Томске утроился. Изменился и административный статус города - 13 августа 1944 года была образована Томская область и Томск стал областным центром. До 1960-х Томск продолжал влачить незавидное существование заштатного, провинциального города. По мнению ряда российских и зарубежных историков импульс динамичного, стремительного развития город получил при правлении Томской областью первого секретаря обкома КПСС Егора Лигачёва. В это время развиваются основные стратегические позиции: научно-образовательный комплекс, с нуля создаётся в Томской области нефтяная промышленность, в городе разворачивается оборонное производство современной (1960-е) военной электроники, часть возможностей закрытого предприятия советского атомного проекта (Пятый почтовый) направляется на решение проблем томичей, вокруг города разворачивается созвездие предприятий АПК для продовольственной безопасности томичей, создаётся мощная база предприятий строительной индустрии, но, главное, Томск получает мощное культурное развитие. В Томск со всей страны приглашаются художники, поэты, театральные деятели и деятели кино, вводятся новые кинотеатры («Родина» в Томске, «Россия» в Северске), вводится крытый ледовый стадион Дворец Спорта). Улучшается облик города, особое внимание - архитектуре. В Томске сохранилось большое количество памятников деревянного зодчества, созданных в основном в конце XIX века, однако со временем их число становится всё меньше. В 1970 году городу был присвоен статус исторического города. В ходе Перестройки были сняты ограничения на посещение города иностранцами. В 1990-е годы в Томске, как и в большинстве городов России, произошёл спад промышленного производства, особенно в машиностроении, ориентированном на военные госзаказы, в оказавшейся неконкурентоспособной лёгкой промышленности. Перестали существовать приборный завод, радиотехнический завод; испытывал проблемы нефтехимический комбинат, несколько раз менявший собственника. Экономическая ситуация улучшилась после дефолта 1998 года и последовавшего за ним оживления экономики страны. В 2004 году Томску исполнилось 400 лет, руководство города и области добилось, за счёт подготовки к юбилею, выделения значительных средств из федерального бюджета на развитие города, в частности, на ремонт улиц, однако празднование юбилея, намеченное на начало сентября, совпало с Бесланскими событиями и было отменено. В 2005 году правительство России объявило о создании на территории Томска особой экономической зоны технико-внедренческого типа, что предполагает инвестиции в экономику города и создание инновационных организаций. В апреле 2006 года в Томске состоялась встреча на высшем уровне между федеральным канцлером Германии Ангелой Меркель и президентом России Владимиром Путиным. Объяснялось это значительной немецкой диаспорой, проживающей в крае (сам губернатор области Виктор Кресс является этническим немцем, девятый по счету губернатор-немец в истории города).