Дата принятия: Флаг ЗАТО Шиханы утверждён решением собрания депутатов городского округа ЗАТО Шиханы от 20 августа 2015 года №4-83-4.
Описание: "Флаг представляет прямоугольное полотнище из трёх горизонтальных полос: верхняя полоса – белая, средняя – синяя, нижняя – зелёная, в соотношении полос 4:1:1 с двухсторонним изображением в центре белой полосы герба города Шиханы. Габаритная высота изображения герба города Шиханы должна составлять 2/3 высоты белой полосы. Отношение ширины флага к его длине 2:3".
Обоснование символики: Белый цвет на флаге символизирует чистоту помыслов, откровенность, правдивость, благородство поступков. Синий цвет символизирует верность, честность, безупречность. Зелёный цвет символизирует юность, надежду, окружающую природную среду.
Источники.