Дата принятия: Утверждён Решением Городского Собрания города Южно-Сахалинска №214/14 от 22 сентября 2005 года.
Описание: "Прямоугольное полотнище синего цвета с соотношением ширины флага к его длине 2:3, с изображением в его центральной части элементов символики герба города и в нижней части двойной волнистой линии белого цвета. Ширина волнистых линий и расстояние между ними составляет 1/20 часть от высоты флага. Расположение этих полос от нижнего края флага составляет 1/10 часть. Элементы герба города Южно-Сахалинска располагаются в центре флага и вписываются в прямоугольник со сторонами, составляющими: шириной 1/3 ширины флага и высотой - 11/20 высоты флага. Расстояние от верха кромки флага до элементов герба составляет 3/20 высоты флага".
Обоснование симвлики: Символика фигур герба, изображённых на флаге, многозначна. Ушко ключа воспроизводит цветок орнамента южно-сахалинской керамики; бородка ключа состоит из стилизованных литер «Ю. С.» Ключ поддерживают по сторонам два серебряных медведя, стоящие на серебряной ленте. Ключ символизирует начало истории города. Цветок - фрагмент орнамента на керамике, найденной археологами на Сусуйской стоянке древних племён. Лента - река Сусуя, выпуклости на ленте - сопки с востока и запада, а углубление — долина, в которой расположен город. Медведь - символ русской силы и мощи, почитаемый зверь древних людей острова.
Источники. Сайт Южно-Сахалинска.