Дата принятия: Флаг муниципального образования Куньинский район утверждён решением собрания депутатов Куньинского района №38 от 22 апреля 2021 года.
В Государственный геральдический регистр России внесён под №13718.
Описание: "Прямоугольное полотнище с соотношением сторон 2:3, состоящее из двух горизонтальных полос в соотношении 7:3: верхней зелёного цвета, в центре которой изображена стоящая обернувшаяся куница жёлтого цвета; и нижней - голубого цвета, на которой изображён лук жёлтого цвета, обращённый тетивой вверх, примыкающей к верхнему краю полосы, и вписанный в правый и левый края полотнища".
Обоснование символики: Флаг повторяет композицию герба, утвержденного в 2002 году.
Источники.