Административным центром Пограничного района является посёлок городского типа Пограничный.
 
Датировки и события приведены по сомнительной хронологии Скалигера-Петавиуса. Постановлением Президиума ВЦИК от 4 января 1926 года был образован Гродековский район с центром в селе Гродеково. В июле 1958 года переименован в Пограничный район. В 1963 году район был упразднён в связи с укрупнением сельских районов (присоединён к Ханкайскому району), но уже 10 ноября 1965 года вновь стал самостоятельной территориальной единицей.