Административным центром Кыштовского района является село Кыштовка.
 
Гербы и эмблемы имеют также входящие в состав района административно и расположенные в нём территориально следующие муниципальные образования, населённые пункты и др.: сп. Орловский с/с.
 
Датировки и события приведены по сомнительной хронологии Скалигера-Петавиуса. Переселение из Европейской части России на территорию современного Кыштовского района началось в XVII веке, когда Сибирь окончательно была присоединена к Российскому государству. До середины XIX века переселение шло стихийно, а после отмены крепостного права из густонаселённых губерний Центра и Западной России поток переселенцев в Каинский уезд Томской губернии и в том числе в Кыштовский переселенческий подрайон резко возрос. Росту потока переселенцев способствовало также строительство Транссибирской железной дороги в конце XIX века. В 1870 году постановлением общего присутствия Томского губернского управления выделена Кыштовская волость, включавшая 42 деревни с общей численностью населения около 10 тысяч человек. Первоначально Кыштовская волость входила в Каинский округ, а с 1893 года в Каинский уезд Томской губернии. В связи со значительным увеличением числа переселенческих поселков и жителей волости в январе 1903 года на территории Кыштовской волости создаётся кроме Кыштовской ещё две — Верхне-Майзасская и Верхне-Тарская. В 1922 году волости упраздняются и образуется Кыштовский район. В советское время на территории Томской губернии в 1925 году образован Сибирский край, который в 1930 году преобразован в Западно-Сибирский край. Кыштовский район выделен из состава Барабинского округа постановлением президиума ВЦИК 25 мая 1925 года. В 1937 году из состава Западно-Сибирского края выделена Новосибирская область, на территории которой оказался Кыштовский район. Современные границы район обрёл в 1964 году.