Дата принятия: Флаг Баганского района утверждён решением четвертой сессии Совета депутатов Баганского района Новосибирской области от 26 мая 2005 года №42 "Об утверждении флага Баганского района".
В Государственный геральдический регистр Российской Федерации внесён под №1988.
Описание: "Флаг Баганского района представляет собой прямоугольное полотнище, разделённое на три вертикальной полосы жёлтого, зелёного и жёлтого цветов, несущее в центре изображение жёлтого ара с чёрной летящей уткой. Отношение ширины полос к длине флага определяется как 1:3:1. Отношение ширины флага к его длине 2:3".
Обоснование символики: Флаг Баганского района разработан на основе герба Баганского района. Зелёный цвет - символ надежды, изобилия, возрождения, жизненных сил, олицетворяет Кулундинскую степь, на просторах которой раскинулся Баганский район. Жёлтый цвет - солнце, дающее тепло и жизнь всему живому, в гербе символизирует радушие и гостеприимство жителей района. Летящая утка символизирует природное своеобразие района, его бесчисленные озёра, многие из которых солённые, а также говорит о названии района. "Баган" в переводе с тюркского обозначает "топкое место". Жёлтые колосья на зелёном поле символизирует развитое земледелие, составляющее основу экономики Баганского района.
Авторы: Журавков А. Ю., Кошелев А. В.; изобразил Журавков А. Ю.
Источники. Сайт Сибирской геральдической коллегии.