Дата принятия: Флаг утверждён 19.03.2004 года.
Описание: "Флаг муниципального образования Нагатинский Затон представляет собой двустороннее, прямоугольное полотнище с соотношением сторон 2:3. Полотнище разделено волнообразной линией из нижнего угла, прилегающего к древку. Часть полотнища, прилегающая к древку, состоит из пурпурного треугольника с волнообразным основанием, габаритные размеры которого составляют 33/40 длины и 13/16 ширины полотнища, и примыкающей к нему белой волнообразной полосы. Часть полотнища, противоположная древку, - зелёная. В пурпурном треугольнике помещено изображение белого городища - три древних жилища, огороженных пятиугольным частоколом с открытыми воротами. Габаритные размеры изображения составляют 1/4 длины и 1/4 ширины полотнища. Центр изображения находится на расстоянии 5/24 длины от бокового края полотнища, прилежащего древку, и на расстоянии 1/4 ширины полотнища от его верхнего края. В зелёной части полотнища помещено изображение перекрещенных серебряных молота прямо, древнего речного якоря, современного речного якоря. Габаритные размеры изображения составляют 9/30 длины и 17/40 ширины полотнища. Центр изображения находится на расстоянии 1/4 длины от бокового края полотнища, противоположного древку, и на расстоянии 5/16 ширины полотнища от его верхнего края".
Обоснование символики: Зелёное цвет полотнища символизирует обилие зелёных насаждений в современной застройке местности, наличие паркового массива и близость музея-заповедника «Коломенское». Пурпурный цвет полотнища символизирует неразрывную историческую связь территории Нагатинского затона с селом Коломенским и пребыванием в этой местности великих князей и царей российских, начиная с XIV века: Ивана Калиты, Ивана Грозного, Алексея Михайловича, Петра I, Екатерины II и Елизаветы Петровны. Белая волнистая полоса символизирует расположение муниципального образования по обе стороны Москвы-реки. Древнее городище символизирует существование в данной местности древнего поселения - Дьякова городища, уникального явления местной первобытной культуры. Два скрещённых якоря и молот белого цвета символизируют находящиеся в Нагатинском затоне Московский судостроительный и судоремонтный завод, Академию водного транспорта и Южный речного вокзал.
Источники. Официальный сервер правительства Москвы.