Муниципальный округ «Нагатинский Затон» входит в состав Южного административного округа.
 
Датировки и события приведены по сомнительной хронологии Скалигера-Петавиуса. На территории современного района Нагатинский затон в прошлом были расположены хорошо известные в истории России подмосковные деревни и сёла: Дьяковское, Коломенское, Нагатино, Новинки, Садовники. Происхождение названия деревни Нагатино неясно, существуют несколько версий его объяснения. Название могло быть образовано от словосочетания «на гати», но эта версия скорее всего является типичным народным объяснением непонятного названия. На старых картах название села всегда писалось с «о» в первом слоге (Ногатиньское, Ногатино) и, возможно, происходило от названия «ногата» - мелкая денежная единица на Руси до XV века, но ко времени возникновения села «ногаты» не имели уже хождения на Руси. Возможно, название происходит от древнерусского слова «ногатица» - горница. Наконец, существует версия, что название имеет владельческий характер. Однако версия, что Нагатино получило свое название от человека, носившего прозвище «Ногата», не подтверждается, так как такого имени обнаружить не удалось. Вместе с тем, гать - это дорога через болото или затопленный участок суши. На гати - поселение на болоте. Существует предание, что село Коломенское было основано в 1237 году жителями Коломны, которые бежали из родного города от нашествия хана Батыя. Отсюда будто бы и произошло название села Коломенского. Но это по всей видимости является народной этимологией непонятного топонима. Происхождение названия села неясно, имеются и другие верии: возможно, название образовано от славянского слова «коло» и может переводиться как «окрестное»; так же возможно происхождение названия и от слова «колоймище» - кладбище, образованного от финских «кальма» - могила или «кальмисто» - могилище /Ну конечно народ ошибается, а яйцеголовые умники с финскими идеями конечно нет. Им бы ещё в Африке корни поискать - прим. автора сайта/. Название села Дьяковское, возможно, происходит от дьяка князя Владимира Андреевича Серпуховского (Храброго), который управлял сёлами и имел здесь двор. Рядом с селом находится высокий, пирамидальной формы, холм - «Дьяково городище». Здесь находилось поселение древнего человека, укрепленное валами и рвами. На городище активно развивались обработка металлов и гончарное ремёсла. Село Дьяковское располагалось на высоком правом берегу Москвы-реки. Дьяковское впервые упоминается в духовной грамоте князя Владимира Андреевича, двоюродного брата Дмитрия Донского, завещавшего сёла своей жене Елене Ольгердовне, дочери великого князя литовского Ольгерда.ов. Своим происхождением Садовая слобода или Садовники обязаны коломенским дворцовым садовникам. Первое упоминание о Новинках встречается в духовной грамоте великого князя Василия II 1461-1462 годы. Деревня располагалась возле имевшего вытянутую форму Новинского озера, с его южной стороны. В 1960 году подмосковные деревни Дьяковское, Коломенское, Нагатино, Новинки, Садовники вошли в черту Москвы, в состав Пролетарского района. В конце 1960-х годов на территории, которую всю целиком стали именовать «Нагатино», началось масштабное строительство многоэтажных жилых домов. В 1991 году в Москве была проведена административная реформа. Прежние районы были устранены, вместо них были образованы 10 административных округов, в том числе Южный административный округ и в его составе временный муниципальный округ «Нагатинский Затон». 5 июля 1995 года он получил статус района Москвы «Нагатинский Затон». В 2002 году Московской городской думой были приняты изменения в закон «О территориальном делении города Москвы» согласно которым территория музея-заповедника «Коломенское» была включена в состав района «Нагатинский Затон», границы которого были переопределены новой редакцией закона «О территориальном делении Москвы». 15 октября 2003 года район преобразован во внутригородское муниципальное образование «Нагатинский Затон». В связи со вступлением в силу новой редакции (2012 года) закона «Об организации местного самоуправления в Москве» муниципальное образование «Нагатинский Затон» получило статус муниципального округа и название «Нагатинский Затон».