Дата принятия: Флаг города Юбилейного утверждён решением №1 Совета депутатов города 28 января 1999 года.
В Государственный геральдический регистр России внесён под №428.
Описание: "Флаг города Юбилейного представляет собой прямоугольное двустороннее многоцветное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, разделённое на три части: в первой к древку в 1/4 ширины красной с мурованным жёлтым ключом, сопровождаемым вверху и внизу жёлтыми звёздами о пяти разных концах; во второй части жёлтого цвета в 1/2 ширины флага сова натурального цвета; третья часть - зелёная, с косым пламевидным краем, вверху отходящим от угла полотнища, внизу - с шириной в 1/4 ширины флага".
Обоснование символики: За основу флага взяты элементы герба города Юбилейного, утверждённого Советом депутатов города Юбилейного 22 мая 1997 года и внесённого в Регистр Государственной Герольдии при Президенте России за №191.
Авторская группа:
идея: Константин Мочёнов (г. Химки);
художник: Роберт Маланичев (г. Москва).
Источники. Статья И. Сметанникова в журнале "Гербовед" №60; книга К. Мочёнова "Официальные символы Подмосковья".