Дата принятия: Герб города утверждён Советом депутатов города Пущина на заседании 15 июня 1999 года решением №172/43.
В Государственный геральдический регистр России внесён под №491.
Описание: "В червлёном (красном) поле с включённой лазоревой (синей, голубой) главой, обременённой тремя (1 и 2) серебряными звёздами о четырёх больших лучах перемежаемых меньшими, поверх всего зелёный трилистник с заострёнными концами листьев с серебряными прожилками на серебряном стебле тонко окаймлённый серебром".
Обоснование символики: Cеребряные звёзды символизируют радиоастрономическую обсерваторию Физического института имени П. Н. Лебедева, трилистник напоминает о том, что Пущино с 1956 года был научным городком АН СССР, центром биологических исследований. Цвет щита обозначает реку Оку, честь, красоту и добродетель.
Авторская группа: Анатолий Обоишев (г. Пущино), Константин Мочёнов (г. Химки), Сергей Исаев (г. Москва).
Источники. Сайт администрации Пущино.