Дата принятия: Флаг города Пущино-на-Оке утверждён Решением совета депутатов города №179/45 от 12 июля 1999 года.
Описание: "Алое полотнище с отношением ширины к длине 2:3, несущее изображение фигур герба города с синей полосой вдоль верхнего края в 1/3 флага".
Обоснование символики: Белые звёзды символизируют радиоастрономическую обсерваторию Физического института имени П. Н. Лебедева, расположенную в городе. Трилистник символизирует былой статус города, как центра биологических исследований АН СССР. Голубой цвет - природа Подмосковья, река Ока, честь, красота и добродетель. Серебряный (белый) цвет - простота, совершенство, мудрость, благородство, мир, взаимосотрудничество. Красный цвет - жизнеутверждающая сила, энергия и красота.
Авторская группа:
идея: Анатолий Обоишев (г. Пущино), Константин Мочёнов (г. Химки);
компьютерный дизайн: Сергей Исаев (г. Москва).
Источники.