Дата принятия: Утверждён решением Думы города Магадана от 01.07.1999 года №48-Д. 30 ноября 2004 года Решением Магаданской городской Думы были внесены изменения в Решение о флаге от 1 июля 1999 года № 48-Д "О флаге города Магадана".
В Государственный геральдический регистр Российской Федерации внесён под №602.
Описание: "Флаг города Магадана представляет собой алое полотнище с отношением ширины к длине 2:3, несущее изображение фигур городского герба, над голубой полосой по нижнему краю полотнища шириной 1/3 от общей ширины, равномерно разделённой тремя чешуйчато изогнутыми поясами белого цвета".
Обоснование символики: За основу флага взят современный герб города Магадана (Автор проекта герба - художник Николай Мерзлюк). В верхней части герба на красном поле изображён в стремительном прыжке легендарный золотой олень, олицетворяющий одновременно две главные отрасли хозяйства Магаданской области, административным центром которой является Магадан - добычу золота и оленеводство. Красный цвет символ мужества, самоотверженности, геройства, справедливой борьбы и жизни. Золото - символ прочности, величия, интеллекта, великодушия. Нижняя часть герба представлена в виде голубого поля со стилизованными морскими волнами и символизирует Магадан, как морские ворота Колымы. Синий цвет - символ возвышенных устремлений, мышления, искренности и добродетели. Серебро в геральдике - чистоты, мудрости, благородства, мира, взаимосотрудничества.
Авторская группа:
идея флага: Константин Мочёнов (г. Химки);
компьютерный дизайн: Сергей Исаев (г. Москва).
Источники. Справочно-правовая система "Гарант".