Село Винницы является административным центром сельского поселения Винницкое Подпорожского района.
 
Датировки и события приведены по сомнительной хронологии Скалигера-Петавиуса. Впервые Винницы (вепс. Vingl) упоминается как погост «у Вьюнице» в приписке к уставной грамоте новгородского князя Святослава Ольговича выданной в 1137 году Софийскому собору о изменении сборов в пользу новгородской епархии, в которой село упоминается как один из множества пунктов для сбора урока. Существует предположение, что русское название села связано с вепсским «веняник» - русский. До второй половины XX века ойконим Винницы обозначал не монолитный населённый пункт, а целую группу (куст) небольших деревень, расположенных на небольшом расстоянии друг от друга. В XIX - начале XX века, село административно относилось к Винницкой волости 2-го стана Лодейнопольского уезда Олонецкой губернии. В начале 1920-х годов в составе Винницкой волости был образован Винницкий сельсовет. В августе 1927 Винницкий сельсовет вошёл в состав вновь образованного Винницкого района Лодейнопольского округа Ленинградской области. 1 февраля 1963 года Винницкий район был ликвидирован, Винницкий сельсовет вошёл в состав Лодейнопольского района, а 11 января 1965 года - в состав Подпорожского района. 22 мая 1965 года к Винницкому сельсовету присоединён Гонгинский сельсовет. 18 января 1994 года постановлением главы администрации Ленинградской области №10 «Об изменениях административно-территориального устройства районов Ленинградской области» Винницкий сельсовет, также как и все другие сельсоветы области, преобразован в Винницкую волость. 1 января 2006 года в соответствии с областным законом №51-оз от 1 сентября 2004 года «Об установлении границ и наделении соответствующим статусом муниципального образования Подпорожский муниципальный район и муниципальных образований в его составе» образовано Винницкое сельское поселение, в его состав вошли территории бывших Винницкой, Курбинской, Озёрской и Ярославской волостей.