Деревня Большая Пустомержа является административным центром сельского поселения Пустомержское Кингисеппского района.
 
Датировки и события приведены по сомнительной хронологии Скалигера-Петавиуса. Впервые упоминается в писцовой книге Водской пятины 1500 года как село Пустомержа в Егорьевском Ратчинском погосте Ямского уезда. На шведской «Генеральной карте провинции Ингерманландии» 1704 года - как деревня Pustamersie. Как деревня Пустамяки она обозначена на «Географическом чертеже Ижорской земли» Адриана Шонбека 1705 года. В пояснительном тексте к этнографической карте Санкт-Петербургской губернии П. И. Кёппена 1849 года она записана как деревня Pustoperä (Пустомержа). В XIX - начале XX века деревня административно относилась к Ястребинской волости 1-го стана Ямбургского уезда Санкт-Петербургской губернии. С 1917 по 1927 год, деревня Большая Пустомержа входила в состав Пустомержского сельсовета Ястребинской волости Кингисеппского уезда. С февраля 1927 года, в составе Кингисеппской волости. С августа 1927 года, в составе Кингисеппского района. В ноябре 1928 года к Пустомержскому сельсовету присоединён упразднённый Тормовский сельсовет. Согласно топографической карте 1938 года деревня называлась Большая Пустомержа. 22 февраля 1939 года в состав сельсовета включён Тикописский сельсовет. C 1 августа 1941 года по 31 января 1944 года деревня находилась в оккупации. 16 июня 1954 года к Пустомержскому сельсовету присоединён ликвидированный Среднесельский сельсовет. По данным 1933 года деревня Большая Пустомержа являлась административным центром Пустомержского сельсовета Кингисеппского района, в который входили 10 населённых пунктов: деревни Большая Пустомержа, Брюмбель, Выбеги, Корпово, Малая Пустомержа, Мануйлово, Онстопель, Проложки, Торма, Хорошево. По данным 1966, 1973 и 1990 годов, деревня Большая Пустомержа также находилась в составе Пустомержского сельсовета и являлась его административным центром. 18 января 1994 года постановлением главы администрации Ленинградской области №10 «Об изменениях административно-территориального устройства районов Ленинградской области» Пустомержский сельсовет, также как и все другие сельсоветы области, преобразован в Пустомержскую волость. [1 января 2006 года в соответствии с областным законом №81-оз от 28 октября 2004 года «Об установлении границ и наделении соответствующим статусом муниципального образования Кингисеппский муниципальный район и муниципальных образований в его составе» образовано Пустомержское сельское поселение, в его состав вошла территория бывшей Пустомержской волости.