Дата принятия: Флаг района существовал как минимум с 2010 года. Во всяком случае в 2011 году депутаты райсовета рассматривали вопрос об изменении флага района, так как его синий цвет не соответствовал зелёному цвету герба. Утверждён решением Северо-Енисейского районного Совета депутатов №335-25 от 23 сентября 2011 года "О символике Северо-Енисейского района".
В Государственный геральдический регистр Российской Федерации внесён под №7200.
Описание: "Прямоугольное голубое полотнище с отношением ширины к длине 2:3, с зелёной полосой вдоль нижнего края (шириной в 1/10 ширины полотнища), на которой стоят два жёлтых восстающих сообращенных медведя, держащих один - жёлтые стрелу и лук, другой - жёлтую лопату, и над ними жёлтое сияние наподобие звезды с лучами без числа".
Обоснование символики: Издавна земли, составляющие территорию современного Северо-Енисейского района, славились природным богатством и разнообразием. В гербе это символически отражено сочетанием золота и зелёного цвета и фигурами двух медведей. Медведь - хозяин леса, традиционный символ благородства, силы, величия, трудолюбия и упорства аллегорически показывает лучшие качества местных жителей. Золото (жёлтый цвет) - символ урожая, богатства, стабильности, уважения, тепла и жизненной энергии, а также драгоценного металла (золота), добыча которого традиционно ведется в Северо-Енисейском районе на протяжении многих десятков лет. Лазурь (голубой цвет)- символ чести, благородства, духовности, возвышенных устремлений; цвет водных просторов, бескрайнего неба, а также снежных покровов, обилие которых характерно для Северо-Енисейского района, относящегося к районам Крайнего Севера. Зелёный цвет - символ природы, здоровья, молодости, роста, возрождения и обновления, а также просторов Сибирской тайги. Орудия, которые держат звери, отражают основные и традиционные занятия местного населения:
- лук и стрелы взяты из исторического герба Сибирского царства, подчёркивают историческую преемственность поколений и также аллегорически указывают на развитые в районе охотхозяйства;
- лопата символизирует труд золотодобытчиков. На месте современного поселка Северо-Енисейского в верховьях реки Безымянки находились прииски купца Алтынбаева и золотопромышленника Авенира Власова, открывшего здесь в 1908 году Авенировские рудники. Именно в связи с разработкой рудников был основан посёлок золотодобытчиков, который в 1932 году стал центром Северо-Енисейского района. Символику приисков дополняет золотое сияние в виде звезды без определенного числа лучей.
Источники. Официальный сайт администрации Северо-Енисейского района, 2011 год.