Административным центром Северо-Енисейского района является посёлок городского типа Северо-Енисейский.
 
Датировки и события приведены по сомнительной хронологии Скалигера-Петавиуса. Северо-Енисейский район как административная единица образован 1 апреля 1932 года Постановлением Президиума ВЦИК «Об изменениях в административно-территориальном делении Восточно-Сибирского края». Нынешние границы района сформированы 8 августа 1964 года после разделения с Удерейским (ныне Мотыгинским) районом, до этого границы менялись дважды - в 1948 году, когда в состав района, на основании указания исполкома крайсовета от 14 июля 1948 года, вошли часть Удерейского района (Брянковский, Ведугинский сельсоветы) и Аяхтинский, Новоерудинский, Широкинский поселковые советы, и в 1962 году, когда Северо-Енисейский район был объединён с Удерейским районом (с центром в посёлке Мотыгино). История района неразрывно связана с историей развития золотодобычи на территории Енисейской губернии. В тридцатых годах XIX века в районе велась разведка и добыча россыпного и жильного золота на месторождениях в долинах рек Актолик, Вангаш, Енашимо, Калами, Огня, Севагликон, Тея, Чиримба. В 1886 году разрабатывались уже более 500 приисков. В начале XX века на прииске Калифорнийский начала работу одна из первых плавучих фабрик-драг, положившая начало развитию дражного флота Енисейской губернии. Муниципальное образование Северо-Енисейский район в соответствии с законом Красноярского края от 13.12.2005 года №16-4196 наделено статусом муниципального района, все населённые пункты входят в состав непосредственно района, без образования городских или сельских поселений. К ведению муниципального образования Северо-Енисейский район относятся вопросы местного значения, предусмотренные статьей 14 Федерального закона от 6 октября 2003 года №131-ФЗ. Северо-Енисейский район - это единственная территория в стране, где реализуется форма местного самоуправления - единое муниципальное образование, что обусловлено спецификой и федеральным законодательством. Северо-Енисейский район Красноярского края уникален своим географическим положением, как район Крайнего Севера, богатыми месторождениями золота и тем, что это единственный район, который реформа местного самоуправления не затронула.