Административным центром Щербиновского района является станица Старощербиновская.
 
Гербы и эмблемы имеют также входящие в состав района административно и расположенные в нём территориально следующие муниципальные образования, населённые пункты и др.: сп. Глафировское, сп. Ейскоукрепленское, сп. Екатериновское, сп. Николаевское, сп. Новощербиновское, сп. Шабельское, сп. Щербиновское.
 
Датировки и события приведены по сомнительной хронологии Скалигера-Петавиуса. 31 декабря 1934 года Щербиновский район в составе Азово-Черноморского края был выделен из Ейского района в самостоятельную территориальную единицу. В его состав вошли Новощербиновский, Старощербиновский, Ясенский сельские советы, а также поселковый совет при свиносовхозе. С 13 сентября 1937 года Щербиновский район в составе Краснодарского края. 22 августа 1953 года произошла передача в состав Щербиновского района Лиманского района, в состав которого входили Глафировский, Ейскоукрепленский, Екатериновский, Николаевский и Шабельский сельские советы. 1 февраля 1963 года район был упразднён и вошёл в состав Ейского района. Указом президиума верховного совета РСФСР от 30 декабря 1966 года Щербиновский район вновь был восстановлен в прежних границах. В 1993 году была прекращена деятельность сельских советов, территории сельских администраций преобразованы в сельские округа. В 2005 году в районе были ликвидированы администрации сельских округов и образованы 8 сельских поселений.