Административным центром Селенгинского района (бур. Сэлэнгэ аймаг) является город Гусиноозёрск.
 
Гербы и эмблемы имеют также входящие в состав района административно и расположенные в нём территориально следующие муниципальные образования, населённые пункты и др.: сп. Новоселенгинское.
 
Датировки и события приведены по сомнительной хронологии Скалигера-Петавиуса. Селенгинский район (Селенгинский аймак) образован 12 декабря 1923 года в составе Бурят-Монгольской АССР РСФСР с административным центром в Новоселенгинске. В 1928 году административный центр переносится в село (улус) Тамча (Гусиное озеро). В 1933 году аймачный центр переносится в Новоселенгинск. 11 февраля 1935 года из Селенгинского аймака (путём разукрупнения) выделен Джидинский аймак. В 1937 году административный центр аймака из посёлка Селендума перенесён в село Новоселенгинск. В 1940-1942 годах на территории района существовал Гусиноозёрлаг. 3 декабря 1960 года Иволгинский аймак был упразднён, Гурульбинский и Иволгинский сельсоветы переданы в Улан-Удэнский горсовет, Гильбиринский, Оронгойский и Нижнеубукунский сельсоветы переданы в Селенгинский аймак. 8 декабря 1960 года село Ганзурино и посёлок станции Ганзурино Оронгойского сомсовета Селенгинского аймака переданы в состав Тарбагатайского аймака. 21 июня 1961 года административный центр аймака из посёлка Новоселенгинск перенесён в город Гусиноозёрск. 2 апреля 1963 года Селенгинский аймак был упразднён. В состав Кяхтинского аймака включены семь сельсоветов и рабочий посёлок Селендума. Наушки и Чикой включены в Гусиноозёрский горсовет. 13 января 1965 года из состава Кяхтинского аймака выделен Селенгинский аймак. 22 января 1965 года посёлок Ардасан Гусиноозёрского горсовета передан в состав Загустайского сельсовета Селенгинского аймака. 28 декабря 1972 года Нижнеубукунский сельсовет из Улан-Удэнского аймака передан в Селенгинский аймак. В 1977 году Селенгинский аймак переименован в Селенгинский район. 12 мая 1978 года посёлок Таёжный административно подчинённый Бабушкинскому горсовету Кабанского района передан в состав Загустайского сельсовета Селенгинского района. В 1978 году город Гусиноозёрск стал городом республиканского подчинения и выведен из состава района. В 1998 году город Гусиноозёрск перестал быть городом республиканского подчинения и включён в состав Селенгинского района.