Дата принятия: Флаг села Магнышевка утверждён решением Ярмолинецкого поссовета №8 от 20 октября 2021 года "Об утверждении символики Ярмолинецкой территориальной общины и населённых пунктов, входящих в её состав".
Описание: "Квадратное полотнище резделено белой диагональной восходящей от древка полосой шириной в 1/4 от ширины флага, на которой красные жёлуди и чёрные семена подсолнуха попеременно. На синей древковой части жёлтый подсолнух, на зелёной вольной части жёлтый дубовый лист, положенный диагонально".
Обоснование символики: Герб обозначает традиционное для села выращивание подсолнухов и других сельскохозяйственных культур, а также большое количество дубовых деревьев в лесу. На флаге повторяются цвета и фигуры герба.
Источники. Сайт Ярмолинецкой общины, 2021 год.