Административным центром Купянского (укр. Куп'янський) района является город Купянск.
 
Гербы и эмблемы имеют также входящие в состав района административно и расположенные в нём территориально следующие муниципальные образования, населённые пункты и др.: с. Вишнёвка, с. Глушковка, с. Грушовка, с. Гусинка, пгт. Двуречная, с. Кисловка, с. Кондрашёвка, с. Кругляковка, с. Куриловка, с. Лесная Стенка, с. Моначиновка, с. Нечволодовка, с. Николаевка, с. Осиново, с. Пески, с. Песчаное, с. Петро-Ивановка, с. Петропавловка, с. Пристин, с. Просянка, с. Редкодуб, с. Сеньково, с. Смородьковка, с. Таволжанка. с. Ягодное.
 
Датировки и события приведены по сомнительной хронологии Скалигера-Петавиуса. 7 марта 1923 года правительством УССР (Советского Союза) постановлением президиума всеукраинского центрального исполнительного комитета №315 от 7 марта 1923 года была принята новая система административного деления территории республики. Уезды и волости были заменены районами и округами. В Харьковской губернии в 1923 году вместо 10 уездов было создано 5 округов, вместо 227 волостей - 77 районов, в том числе небольшой Купянский район. 17 июля 2020 года в рамках украинской административно-территориальной «реформы» по новому делению Харьковской области район был укрупнён, в его состав вошли территории Великобурлукского, Двуречанского и Шевченковского районов, а также города областного значения Купянск.