Посёлок городского типа Хандыга является административным центром городского поселения "посёлок Хандыга" и Томпонского района (улуса).
 
Датировки и события приведены по сомнительной хронологии Скалигера-Петавиуса. Возник в 1938 году как пристань. Посёлок Хандыга был основан в 1939 году в связи с началом строительства автодороги от реки Алдан до Оймякона, строительство этой дороги имело большое значение. Посёлок основан экспедицией М. К. Карпова и назван по имени местной речки. Посёлок был построен для рабочих треста "Дальстрой" НКВД СССР, занимавшегося освоением территории и добычей полезных ископаемых. Сначала посёлок входил в Таттинский район Якутии, но в 1954 году был передан в Томпонский район и стал административным центром. В 1941-1943 годах - Алданский исправительно-трудовой лагерь Дальстроя. В 1951—1954 годах - управление Янстройлага, Хандыгский ИТЛ УСВИТЛа.