Дата принятия: Утверждён решением совета народных депутатов №33 от 04 мая 2006 года.
В Государственный геральдический регистр России внесён под №2312.
Описание: «Прямоугольное красное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее смещённые к древку фигуры герба района: жёлтый сноп, продетый в графскую корону и под ним чёрный, бьющий хвостом кит».
Обоснование символики: Флаг района разработан на основе герба, который языком символов и аллегорий отражает исторические, природные и экономические особенности Панинского района. Панинский район расположен в северо-восточной части Воронежской области. Административный центр - рабочий посёлок Панино - получил название по владелице этих земель графине Паниной, что отражено на флаге графской короной и китом - основным элементом родового герба Паниных. С Панинским районом связаны имена графини Паниной Софьи Владимировны - крупной благотворительницы и товарища (помощника) министра социального призрения во временном правительстве, и Панина Виктора Никитовича - министра юстиции в 1841-1861 годов, автора идеи государственного межевания. Символика кита на флаге многозначна. Кит - символ мощи, значительности, важного, первоосновы, символ колоссального в природе. Район знаменит образцовым чернозёмом. В 1890 году на территории Панинского района в качестве эталона российского чернозёма был отобран почвенный монолит размером 7х2х1 метр, который долгое время находился во французском городе Севр в Международном бюро мер и весов. Остатки этого монолита, за свои размеры получившего название "Монстр", находятся в одном из парижских музеев. Чёрный геральдический кит, аллегорически показывающий в гербе этот огромный монолит чернозёма, символизирует знаменитые панинские чернозёмы, являющиеся основой устойчивого развития сельского хозяйства района. Основа экономики района - сельское хозяйство, что отражено на флаге снопом. Здесь не только выращивают различные виды зерновых и технических культур, но и развиты предприятия переработки. Сноп - традиционный символ плодородия, дружбы, общности интересов. Жёлтый цвет (золото) - это цвет солнца, скрытых сокровищ и богатства, эликсира жизни, символизирует богатство, величие, уважение, великолепие. Чёрный цвет символизирует благоразумие, мудрость, скромность, честность и вечность бытия. Красный цвет - символ мужества, силы, труда и красоты.
Авторская группа:
идея: Константин Мочёнов (г. Химки);
обоснование символики: Юрий Коржик (г. Воронеж);
компьютерный дизайн: Оксана Афанасьева (г. Москва).
Источники.