Дата принятия: Флаг утверждён решением комитета районного самоуправления Междуреченского муниципального района от 27 декабря 2001 года №216.
В Государственный геральдический регистр России внесён под №1164.
Описание: "Прямоугольное зелёное полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, несущее изображение фигур герба района. Фигуры из герба района - это жёлтые якорь, хлебный сноп и сосна".
Обоснование символики: Вилообразный крест символизирует реки Шую и Сухону, якорь - былую роль села Шуйского в речном судостроении, сосна и сноп - "природные особенности района и основной профиль занятий местного населения".
Авторы: Любовь Соколова (г. Грязовец) и Олег Свириденко (г. Вологда).
Источники. Справочник "Гербы и флаги Вологодской области", Вологда, 2009 год; статья О. Свириденко в газете "Русский север".